เลข อย. คือ เลขประจำตัวผลิตภัณฑ์อาหาร จะมีตัวเลข 13 หลักแสดงอยู่ภายในกรอบเครื่องหมาย อย. ถูกนำมาใช้แทนตัวอักษรและตัวเลขซึ่งอยู่ในกรอบเครื่องหมาย อย. แบบเดิม ซึ่งเลขสารบบอาหารนี้จะระบุข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับสถานที่ และข้อมูลผลิตภัณฑ์อาหารครบถ้วนมากกว่าในอดีต ช่วยให้เจ้าหน้าที่ติดตามตรวจสอบง่ายขึ้น 

เลข อย. ประกอบด้วยเลข 13 หลัก แสดงกึ่งข้อมูล 2 ชุด ได้แก่

• ชุดข้อมูลชุดแรก (X) คือ ข้อมูลสถานที่ประกอบการ ประกอบด้วยตัวเลข 8 หลักแรก
• ชุดข้อมูลชุดหลัง (V) คือ ข้อมูลเกี่ยวกับผลิตภัณฑ์ ประกอบด้วยตัวเลข 5 หลักหลัง

หลักที่ 1 แสดงถึง 

• จังหวัดที่ตั้งของสถานที่ประกอบการนั้น ๆ
• ใช้รหัสตัวเลข 2 หลัก แทนอักษรย่อ เช่น 12 แทนจังหวัด

หลักที่ 2 แสดงถึงสถานะของสถานที่ประกอบการและหน่วยงานที่อนุญาตสถานที่นั้น ๆ

• ใช้รหัสตัวเลข 1 หลัก 

1. หมายถึงสถานที่ผลิต อนุญาตโดย อย. (เลขคี่)
2. หมายถึงสถานที่ผลิต อนุญาตโดย จว. (รวม กทม.) (เลขคู่)
3. หมายถึงสถานที่นำเข้า อนุญาตโดย อย. (เลขคี่)
4. หมายถึงสถานที่นำเข้า อนุญาตโดย จว. (รวม กทม.) (เลขคู่)

หลักที่ 3 แสดงถึง

• เลขประจำสถานที่ได้จากเลขที่ใบอนุญาต ผลิตอาหารหรือเลขที่ใบอนุญาตนำหรือสั่งอาหาร หรือเลขที่ประจำสถานที่ผลิตไม่เข้าข่ายเป็นโรงงาน (แล้วแต่กรณี) ที่ได้รับอนุญาตแล้ว 
• ใช้รหัสตัวเลข 5 หลัก โดย 2 หลักหลังเป็น เลขท้ายของปี พ.ศ. ที่อนุญาตสถานที่ดังกล่าว

หลักที่ 4 แสดงถึง

• หน่วยงานที่อนุญาตผลิตภัณฑ์นั้นๆ ซึ่งอาจจะเหมือนหรือแตกต่างจากหน่วยงานที่อนุญาตสถานที่ก็ได้ใช้รหัสตัวเลข 1 หลัก

1. หมายถึงผลิตภัณฑ์นั้นอนุญาตโดย อย.
2. หมายถึงผลิตภัณฑ์นั้นอนุญาตโดย จว. (รวม กทม.)

หลักที่ 5 แสดงถึง 

• เลขลำดับที่ผลิตภัณฑ์ดังกล่าวของสถานที่นั้น ๆ ที่ผ่านการอนุญาตจากหน่วยงานที่ประเมินผลิตภัณฑ์ ข้างหน้า (ตาม 4)  เรียงลำดับจากน้อยไปหามาก 
• ใช้รหัสตัวเลข 4 หลัก เช่น ลำดับที่ 1 ใช้ 0001 ลำดับที่ 99 ใช้ 0099